AIPOCH Open-Science

Environnement de recherche assistée par IA pour une science reproductible — open source, local-first et indépendant des modèles.

Ce document est une traduction de README.md en anglais. En cas de divergence, la version anglaise fait foi.

AIPOCH Open-Science est un environnement de recherche open source qui intègre l’intelligence artificielle. Commencez par une question, un article scientifique ou un fichier de données. Décrivez avec vos propres mots ce que vous cherchez à savoir, puis travaillez avec un agent d’IA pour examiner les éléments de preuve, analyser des données ou créer un graphique.

Pour comprendre comment un résultat a été obtenu, consultez les données d’entrée, le code et l’historique d’exécution disponibles. Pour partager votre travail, choisissez les branches de conversation, les versions de fichiers, les enregistrements du Notebook et les éléments de vérification à inclure dans un paquet .science, puis exportez-le.

💡 AIPOCH Open-Science v1.1.0 — Nouveautés

5 novembre 2026

• Films de recherche: Exportez toute session sous forme de film de recherche portable et narré, avec relecture du terminal et narration vocale.
• Appairage mobile: Connectez un téléphone ou une tablette en scannant un code QR, via le WiFi local ou un tunnel Pinggy.
• Literature dans le CLI et MCP: Recherche et gestion des références depuis la ligne de commande et les clients MCP, avec navigation en lecture seule et outils d'écriture.
• Synthèses reprises sur interruption: Les synthèses par lots de papiers reprennent après une interruption sans régénérer les résultats déjà achevés.
• Centre de ressources: Un centre de ressources renommé avec une disposition de la bibliothèque de cas adaptée, des liens externes plus compacts et les paramètres de calcul sous les connexions.
• Diagnostics: Les exports préservent les preuves d'exécution du Notebook, permettent de sélectionner des journaux backend historiques et peuvent inclure des enregistrements de ressources en opt-in (Windows).
• Correctifs de fiabilité: Récupération des conversations après interruption, restauration des figures et tableaux des PDF à partir de scans avec texte, et amélioration du démarrage, des vérifications de mise à jour Windows et de l'utilisation mémoire.

Notes complètes v1.1.0

Table des matières

• Démarrage rapide
• Paquets de recherche .science d’AIPOCH Open-Science
• AIPOCH Open-Science : article et citation
• Résultats des benchmarks
• Capacités principales
• Fournisseurs de modèles
• Données, autorisations et confiance
• Développement et empaquetage
• Questions fréquentes
• Contributeurs
• Participer
• Licence

🚀 Démarrage rapide

1. Télécharger l'application

Ouvrez la page officielle de téléchargement et choisissez l'installateur adapté à votre ordinateur :

Consultez la vérification du téléchargement pour les contrôles avant installation.

Les archives de la CLI autonome pour macOS, Linux et Windows incluent Node.js et s’utilisent sans Homebrew ni npm.

Sur macOS, vous pouvez aussi installer l’application avec Homebrew :

brew install --cask open-science

Pour le CLI autonome sur macOS ou Linux, utilisez le tap AIPOCH séparé :

brew install aipoch/tap/open-science

Cette formule inclut Node et fonctionne sans l’application de bureau ; sa version peut différer du Cask de bureau. Voir les prérequis et mises à niveau dans le guide du runtime autonome.

Pour le CLI autonome et l’interface Web, installez le paquet npm publié avec Node.js 22.13.0 ou ultérieur :

npm install --global @aipoch/open-science
open-science start --no-open
open-science url

Ouvrez l’URL affichée pour terminer la configuration, ou suivez le guide de configuration du terminal. npm prend en charge macOS ARM64/x64, Linux ARM64/x64 avec glibc et Windows x64 ; l’application de bureau n’est pas nécessaire. Conservez les dépendances facultatives npm et consultez les prérequis Linux et les instructions de mise à jour. L’URL contient un jeton d’authentification ; gardez-la privée.

Sous Windows, une réinstallation conserve les données de recherche. Pour tout effacer, consultez l’outil de réinitialisation, qui supprime définitivement les données locales après confirmation.

2. Terminer la configuration initiale

Suivez l’assistant : Environnement → Emplacement des données → Environnement d’exécution de l’agent → Fournisseur de modèle → Environnement d’exécution Notebook.

Terminez les vérifications obligatoires de l’environnement et du runtime de l’agent, puis testez la connexion au modèle. La configuration Python/R Notebook est facultative ; Notebook et l’emplacement des données restent modifiables dans les paramètres.

Les réglages d’apparence et de notifications se trouvent dans les paramètres système. La rubrique Général donne accès au guide d’installation et de mise à jour manuelles.

Vérifications de compatibilité hôte, de stockage et de réseau	Validation du fournisseur, de la clé API, du point de terminaison et du modèle

3. Démarrer un projet de recherche

1. Cliquez sur New project, ouvrez une session et décrivez l’objectif de recherche, les entrées et les sorties attendues.
2. Joignez les fichiers, choisissez un modèle et un mode d’approbation, puis envoyez la tâche. Utilisez @ pour référencer un fichier du projet ou / pour choisir une compétence.
3. Examinez l’activité des outils et les demandes d’approbation, prévisualisez les résultats et consultez les preuves disponibles dans Provenance.

Les captures d'écran de ce README illustrent le flux de travail. Les libellés, catalogues et autres détails d'interface peuvent différer de la version que vous installez.

Paquets de recherche .science d’AIPOCH Open-Science

Exportez une session de recherche terminée sous forme de paquet .science portable pour la revue, la transmission et l’archivage. Choisissez les branches de conversation, versions de fichiers, enregistrements Notebook et preuves de vérification à inclure, puis importez le paquet dans un autre projet ou ordinateur.

L’export et l’import sont disponibles dans l’application de bureau, les sessions Web locales et la CLI headless. Les sessions Web distantes ne peuvent pas lire ni écrire des chemins arbitraires de paquets locaux.

Exporter → transférer → examiner

1. Exportez une session terminée et choisissez les éléments à inclure.
2. Transférez le fichier .science à un collègue ou sur un autre ordinateur.
3. Importez le fichier dans un projet. Research replay, à droite, affiche le processus enregistré ; la conversation de gauche permet de poser des questions et de citer des étapes fixes.

Les enregistrements importés restent en lecture seule ; leur lecture n’exécute aucun code, n’appelle aucun modèle et ne restaure aucun identifiant. La première question crée une discussion modifiable associée ; utilisez Fork to continue pour créer une copie de travail. Une nouvelle exécution exige toujours une recette complète, les entrées nécessaires et un environnement disponible.

Les conversations Side Chat, les signets privés de lecture et les identifiants sont exclus ; les fichiers inclus dépendent de la sélection d’export. Les relevés de vérification reçus décrivent les contrôles de l’expéditeur, pas une nouvelle exécution sur cet ordinateur. Voir le guide des paquets .science.

AIPOCH Open-Science : article et citation

AIPOCH Open-Science: An Open-Source AI Research Workbench with Reproducible .science Packages

Prépublication arXiv · v1 · Soumise le 12 octobre 2026.

Notre prépublication présente AIPOCH Open-Science, un environnement de recherche IA open source avec des paquets .science portables pour partager le contexte de recherche, les versions d’artefacts et les relevés de vérification. Consultez l’article pour découvrir la conception de l’échange des paquets et l’évaluation contrôlée.

Si vous utilisez AIPOCH Open-Science dans vos recherches, vous pouvez citer la prépublication :

@misc{ouyang2026aipochopenscienceopensourceai,
      title={AIPOCH Open-Science: An Open-Source AI Research Workbench with Reproducible .science Packages},
      author={Wen Ouyang and Bocheng Huang and Qianyu Yao and Fei Sun and Minying Deng and Haoyue Cheng and Wenwen Zhou and Lei Mou and Yusi Wei and Jiang Li and Kun Zhu and Lei Wang and Yi Feng and Jiaheng Dai and Ke Qian and Dan Wang and Yahui Wang and Chenyi Wang and Mingsheng Lyu and Yaqiang Zhang and Ping Zheng and Chunhua Tang and Xinge Ma and Xu Zhang and Youjia Fan and Can Lu and Zhijun Dai and Man Hu and Qiqi Xie and Beinan Liu and Yuanning Guo and Yunze Liu and Jinhong Jiang and Xianjun Fu and Mingwei Zhang and Yuanji Xu and Shilin Xia and Bowen Yang and Mingjun Yu and Jingdun Xie and Xuwei Chen and Xia Zou and Yuzhou Xue and Jianguo Zhou and Chunhao Cao and Donghao Tian and Lei Huang and Jinxiao Li and Shengrong Long and Zefeng Song and Honglin Li and Jiang Luo and Wenying Jiang and Shanshan Li and Lei Dai and Ning Jiang and Ying Cai and Chaohui Li and Chunyan Peng and Hetong Zhao and Angqing Li and Chunyan Yang and Chongyang Sun and Yong Li and Xinyu Shi and Wei Dai and Ming Peng and Chen Sang and Yuanyuan Han and Desong Qiu and Haixin Miao and Jian Xu and Yi Chen and Xiaoliang Shi and Tian Shen and Teng Hu and Shuhao Wang and Yingyong Hou and Huimei Wang},
      year={2026},
      eprint={2610.17110},
      archivePrefix={arXiv},
      primaryClass={cs.SE},
      url={https://arxiv.org/abs/2610.17110},
}

Résultats des benchmarks

AIPOCH a évalué AIPOCH Open-Science sur des tâches allant de la recherche d’un article aux réponses sur son contenu et à l’exécution d’un plan de recherche. Les résultats ci-dessous proviennent des propres essais d’AIPOCH. Chaque score correspond à une tâche et à une configuration d’évaluation précises.

AstaBench — Tâches documentaires

ASI-Bench — Suivre un plan et choisir des méthodes

Les quatre conditions demandent à l’agent d’exécuter un plan spécifié (B1), d’organiser un workflow (B2), de choisir des méthodes (B3) ou de mener une recherche malgré des informations parasites (B4). Les deux premières lignes du graphique comparent des essais locaux avec le même modèle GPT-6 Astra.

Open-Science a obtenu 79.35, 56.11, 59.67 et 59.46 en B1–B4 ; la référence locale Codex a obtenu 74.78, 56.09, 58.12 et 55.45. Les scores B2 étaient presque identiques. Les autres essais publiés diffèrent par leurs instances de tâches, configurations ou méthodes de jugement.

Le score local B1 couvre 59 tâches après une exclusion liée au système de notation. Trois répétitions locales ont été rapportées pour B1/B2. B3/B4 utilisaient Open-Science v0.32.0 et un juge de substitution ; chaque score est la moyenne de trois essais de 60 tâches.

BiomniBench-DA — Analyse de données biomédicales

Sur le jeu Public 50, le juge Gemini 3.1 Pro a attribué 81.04 aux résultats et le juge DeepSeek v4-pro 77.06. AIPOCH rapporte leur moyenne à poids égaux, 79.05, pour la configuration gpt-5.6-sol (xhigh).

Périmètre de l’évaluation : ces rapports couvrent des essais locaux ou internes d’août à novembre 2026, avec les modèles et partitions indiqués ; ils n’ont pas été réexécutés pour la version actuelle. Les références sont des instantanés historiques, pas des classements en direct. Les scores de familles de benchmarks différentes ne sont pas directement comparables, et les écarts numériques ne prouvent pas une significativité statistique.

Consultez le rapport AstaBench et ASI-Bench et le rapport BiomniBench-DA pour les détails.

Capacités principales

AIPOCH Open-Science combine la gestion de projets, l'exécution d'agents multi-modèles, les Notebooks Python et R, les connecteurs de données scientifiques, des versions d'artefacts immuables avec provenance, et un contrôle humain dans la boucle soumis à autorisation, dans un seul espace de travail local. L'application installée et les notes de version les plus récentes font foi pour les catalogues évolutifs, les détails d'empaquetage et les options nouvellement ajoutées.

Lors d’une recherche par coordonnées dans l’eQTL Catalogue, Open-Science vérifie que les coordonnées correspondent à l’assemblage de référence GRCh38.

Importez des références, des étiquettes, des collections et des liens vers les sources depuis Zotero 10 ou une version ultérieure exécutée sur le même ordinateur. Vous pouvez choisir de copier les pièces jointes PDF locales ; l’importation est unidirectionnelle et ne modifie pas Zotero.

Ajoutez une référence à partir d’un DOI, d’un identifiant arXiv, d’un PMID, d’un PMCID ou d’un lien d’article pris en charge, ou collez jusqu’à 100 références, une par ligne. Vérifiez et modifiez une référence individuelle avant de l’enregistrer, ou sélectionnez les références à importer par lot. Les PDF en texte intégral peuvent être ajoutés séparément.

Les annotations PDF et les notes de document sont persistantes. Avec un modèle de sélection configuré, les collections intelligentes évaluent les références selon vos critères d’inclusion et d’exclusion. Les décisions de l’IA et les décisions manuelles restent distinctes pour aider la revue humaine.

En mode lecture, les agents peuvent lister, localiser et créer des notes et des marques dans les PDF liés. Les annotations PDF sont liées à la version du fichier annoté et ne se synchronisent pas entre ordinateurs.

Sur la fiche de l’article, le modèle principal configuré synthétise la question de recherche, la population étudiée, les méthodes, les principaux résultats et les limites. La synthèse précise si elle s’appuie sur le texte intégral ou sur le résumé de l’article.

L’OCR optionnelle reconnaît les pages PDF numérisées une fois le composant et les packs de langue nécessaires téléchargés. Neuf packs de langue sont disponibles : anglais, chinois simplifié, chinois traditionnel, allemand, espagnol, français, japonais, coréen et russe. Des indicateurs de couverture par page montrent quelles pages sont encore dépourvues de texte.

Les PDF traduits peuvent, en option, redistribuer le corps du texte et les légendes dans une mise en page à colonne unique axée sur le contenu, tout en conservant images, tableaux, formules et bibliographie dans leur forme d’origine, avec une correspondance entre pages source et pages de sortie. Dans les nouvelles installations, les restrictions de dossiers de Notebook et du terminal sont activées par défaut et limitent ces environnements à l’espace de travail, aux dossiers approuvés et aux fichiers requis par les outils ; ce réglage ne contrôle pas les outils natifs de l’agent ni les ordinateurs distants.

Dans l’application de bureau, la provenance des artefacts peut aussi être exportée en RO-Crate 1.1. Un paquet d’environnement lié à une version ne peut créer un environnement géré que si la capture est complète et compatible avec la plateforme cible ; ce n’est pas une sauvegarde intégrale de l’ordinateur.

Parcourez les cas de recherche sur la place de marché Sharing depuis l’accueil ou l’espace de conversation, filtrez par catégorie, recherchez par mot-clé et téléchargez les paquets depuis les fiches détaillées des cas.

Fournisseurs de modèles

AIPOCH Open-Science est agnostique vis-à-vis des modèles au niveau produit : connectez-le à de grands fournisseurs LLM cloud, à une passerelle personnalisée, ou réutilisez un abonnement Claude ou Codex existant. La disponibilité des fournisseurs dépend actuellement du backend d'agent sélectionné et des protocoles d'API qu'il prend en charge. Les options de connexion suivantes sont disponibles :

Il y a 25 options de fournisseur prédéfinies, notamment OpenAI, Anthropic, DeepSeek, NVIDIA Build et d’autres. Les modèles et points d’accès régionaux dépendent de la version installée et du backend choisi ; consultez le sélecteur et testez la connexion dans l’application.

Données, autorisations et confiance

AIPOCH Open-Science stocke les données de projet, les paramètres, les versions d'artefacts et les preuves de provenance sur l'ordinateur local. Les clés API sont conservées localement et utilisent le stockage sécurisé d'identifiants du système d'exploitation lorsqu'il est disponible. Les journaux sont locaux et ne sont pas téléversés automatiquement.

Un flux de données externe reste possible et doit être examiné :

• Les requêtes de modèle envoient l'invite et le contexte nécessaire au fournisseur de modèle sélectionné.
• Les recherches web et les connecteurs distants envoient leurs paramètres affichés à des services externes.
• Les connecteurs locaux peuvent exécuter des commandes de confiance sur l'ordinateur.
• L’application peut aussi contacter les serveurs de mise à jour, les catalogues du marché et les services de téléchargement d’environnements ou de modèles.
• Les pièces jointes, les références @, les journaux et les rapports générés peuvent contenir des données de recherche sensibles.

Choisissez le profil d'autorisation le plus étroit qui convienne à la tâche :

Le profil effectif dépend du backend et des autorisations existantes. Les règles des connecteurs, des outils et du réseau de calcul restent applicables ; vérifiez le mode effectif affiché par l’application.

Examinez les paramètres des connecteurs et l'activité des outils avant de les approuver. N'incluez jamais de clés API, de jetons d'accès, d'identifiants patients, de données non publiées ou de chemins locaux sensibles dans des captures d'écran ou des journaux d'issues publiques.

Développement et empaquetage

AIPOCH Open-Science comprend un backend Node ordinaire et un client de bureau Electron, avec React, TypeScript, Prisma/SQLite et un runtime d’agents fondé sur ACP.

Prérequis pour le développement à partir des sources :

• Node.js 24 (voir .nvmrc), avec npm
• Git
• L’exécution Notebook est facultative et utilise des environnements Python/R gérés par l’application ou un interpréteur compatible que vous configurez.

git clone https://github.com/aipoch/open-science.git
cd open-science
npm install
npm run dev

Consultez la référence des commandes de développement et de packaging et le guide de contribution pour les commandes de build et le workflow de développement.

Modes web localhost et headless

L’interface Web fonctionne avec un backend Node ordinaire, sans Electron ni affichage graphique.

npm run dev:web
npm run pack:backend

L’interface Web fonctionne avec un backend Node ordinaire, sans Electron ni affichage graphique. npm run dev:web et npm run dev:headless construisent et démarrent le backend et l’interface Web, sans bureau ni icône de notification. OPEN_SCIENCE_WEB_PORT choisit le port (44100 par défaut) ; Ctrl+C arrête proprement le service au premier plan.

Le développement nécessite Node.js 24. Le paquet npm publié et le tarball autonome construit localement exigent Node.js >=22.13.0. Les archives Release, la formule Homebrew et le lanceur du bureau incluent leur propre runtime.

L’application de bureau et le navigateur partagent le même service. Les applications connectées et une demande explicite de maintien en service par open-science start le gardent actif. Quitter la dernière application n’arrête le service que si aucune demande explicite de maintien ne subsiste.

CLI · Node

Accès distant mobile

La même UI web localhost peut être atteinte depuis un téléphone ou une tablette via l'appariement Remote.It. Appariez un navigateur avec un code AIPOCH Open-Science à six chiffres, approuvez-le une fois sur le bureau, et l'espace de travail reste joignable sans exposer directement le serveur en boucle locale. La confiance du navigateur est révocable, et les changements de mode ou l'arrêt du service invalident immédiatement les sessions distantes actives.

L’ordinateur hôte doit rester allumé et connecté, avec AIPOCH Open-Science et l’agent Remote.It en cours d’exécution, et être ajouté à un compte Remote.It connecté. L’autorisation du navigateur expire et peut être révoquée ; voir le guide du contrôle à distance.

CLI et SDK headless

Le CLI headless et le SDK Node.js sans dépendance utilisent le même démon local, les mêmes projets, sessions, identifiants et autorisations que les interfaces de bureau et web. L'usage détaillé vit avec le paquet publiable, afin qu'il n'y ait qu'une seule référence de commandes à maintenir :

• Guide CLI - installation, cycle de vie du service, automatisation des tâches, artefacts, formats de sortie et codes de sortie
• Aperçu du paquet SDK - démarrage rapide Node.js et point d'entrée du paquet

La CLI autonome peut exposer ses outils de recherche à des clients MCP externes avec open-science mcp. Démarrez et authentifiez d’abord le service du profil sélectionné. L’adaptateur utilise les autorisations existantes de ce profil ; il ne constitue ni un bac à sable distinct ni une interface en lecture seule. Les clients connectés peuvent donc enregistrer des modifications et entraîner des coûts de modèle. Il n’expose pas d’accès shell ou RPC arbitraire, de gestion des identifiants, d’importation ou d’exportation de fichiers, de téléchargement vers un chemin ni de point de terminaison MCP HTTP distant.

Questions fréquentes

# Démarrer le service en arrière-plan
open-science init
open-science start --no-open

# Créer un projet et exécuter une tâche par son nom exact
open-science project create "Systematic review"
open-science run --project "Systematic review" \
  --prompt-file ./task.md \
  --approval-profile auto \
  --skill literature-review \
  --wait --json

# Télécharger un artefact généré
open-science artifacts list <session-id> --json
open-science artifacts download <artifact-id> --output ./report.md

Contributeurs

Merci à toutes les personnes qui contribuent à AIPOCH Open-Science par leur code, leur documentation, leurs traductions, leurs signalements de bugs et leur aide à la communauté.

Voir les contributeurs sur GitHub

Participer

Aidez à améliorer AIPOCH Open-Science : signalez un bug, suggérez une fonctionnalité, posez une question ou contribuez. Choisissez un canal ci-dessous pour commencer.

Avant d'ouvrir une issue publique, retirez des journaux et captures d'écran les clés API, jetons, chemins de fichiers privés, données non publiées, identifiants patients et autres éléments sensibles. Voir CONTRIBUTING.md pour le flux de développement.

Si AIPOCH Open-Science vous est utile, ajoutez une étoile au dépôt sur GitHub.

Les capacités livrées, partielles et prévues figurent dans la carte des capacités.

Licence

Licence Apache 2.0 — voir LICENSE.